收成果實後到出貨上市前要先去除外皮、果肉、賽果皮及銀皮。其方法有乾燥式(也稱天然法或非水洗式)與水洗式兩種。
乾燥式：
方法較為單純。首先將剛採下的果實廣佈在曬場上一兩個星期，直到果實發出霹啪的聲音為止，自然乾燥之。之後，以脫殼機將幹掉了的果肉、內果皮和銀皮去除。 以這種方式精製而成的咖啡豆，呈微酸而略有苦味。幾乎所有巴西產的咖啡豆、埃塞俄比亞、也門等地之咖啡豆都豆以這種方法取得的。這種方法的缺點是容易受天氣的影響，以及易摻入瑕疵豆和其它雜質。因此，必須細心地加以篩選才行。
水洗式：
即將收成的果實放入流動的水槽，除去浮在水面的果實之後，以果肉去除機剝除外皮和果肉。再放入水槽，將浮出的果肉去除。之後，移入發酵槽，浸泡半天至一天，再將發酵的咖啡豆表面上的膠質溶掉。 再以水洗過後，曬乾數日後以機器乾燥之，最後用脫殼機將內果皮去除，即成為可作為商品的生咖啡豆。用這種方式，會比乾燥式的咖啡豆色澤較美，且雜質也較少。哥倫比亞、墨西哥、危地馬拉等國70%左右的產量都採用此方法。 |
